Lindóia, cujo nome significa "rio que não extravasa" em tupi guarani, teve seu povoamento iniciado pelos indígenas caiapós, que habitavam as margens do Rio do Peixe. Sua fundação oficial ocorreu entre 1800 e 1817, quando migrantes das cidades vizinhas de Atibaia e Bragança Paulista se estabeleceram na região, formando as famílias fundadoras.

A história da devoção a Nossa Senhora das Brotas remonta à construção de uma capela modesta no topo do morro, onde hoje fica a Praça Humberto Amaral. A descoberta da importância das águas minerais em 1928 levou à exploração desses recursos, resultando na emancipação de Lindóia de Serra Negra e na sua transformação em Estância Hidromineral.

Após um período como vila, Lindóia recuperou sua condição de município em 1964, após intensa luta da comunidade. A reinstalação oficial ocorreu em 1965, após um plebiscito, sendo celebrada como uma grande conquista para a cidade.